برابر ماده 3 اساسنامه ، موضوع سازمان نیل به اهداف زیر می باشد:

الف ـ جمع آوری اطلاعات و آمار ، طراحی و برنامه ریزی و توسعه پایانه ها

ب ـ جذب نیروهای متعهد و متخصص و اقدام لازم در زمینه ارتقاء سطح دانش و اطلاعات آنان و ایجاد ارتباط با مراکز علمی و فنی دانشگاهی داخل و خارج کشور

ج ـ ایجاد ارتباط با پایانه های  داخل و خارج  کشور به منظور تبادل  اطلاعات  و استفاده از دانش و تجربیات آنها در راستای  تأمین و تکمیل خدمات و حفظ بهداشت محیط وارائه خدمات مطلوب به شهروندان

د ـ تکمیل واحداث غرفه های خدماتی و بهداشتی مجهز جهت تأمین نیازهای مراجعین و مسافرین و شرکتهای مسافربری و واگذاری آنها به بهره برداران ، طبق  شرایط خاص برابر آئیننامه های معاملاتی وآئین نامه های موضوع تبصره ذیل ماده 2 قانون احداث پایانه های مسافربری به منظور تأمین منابع مالی سازمان از محل درآمد حاصل از اجاره بهاء آنها