برابر ماده 3 اساسنامه ، موضوع سازمان نیل به اهداف زیر می باشد:
الف ـ جمع آوری اطلاعات و آمار ، طراحی و برنامه ریزی و توسعه پایانه ها
ب ـ جذب نیروهای متعهد و متخصص و اقدام لازم در زمینه ارتقاء سطح دانش و اطلاعات آنان و ایجاد ارتباط با مراکز علمی و فنی دانشگاهی داخل و خارج کشور
ج ـ ایجاد ارتباط با پایانه های داخل و خارج کشور به منظور تبادل اطلاعات و استفاده از دانش و تجربیات آنها در راستای تأمین و تکمیل خدمات و حفظ بهداشت محیط وارائه خدمات مطلوب به شهروندان
د ـ تکمیل واحداث غرفه های خدماتی و بهداشتی مجهز جهت تأمین نیازهای مراجعین و مسافرین و شرکتهای مسافربری و واگذاری آنها به بهره برداران ، طبق شرایط خاص برابر آئیننامه های معاملاتی وآئین نامه های موضوع تبصره ذیل ماده 2 قانون احداث پایانه های مسافربری به منظور تأمین منابع مالی سازمان از محل درآمد حاصل از اجاره بهاء آنها